生物有机肥生产的技术含量相对较高，除了在腐熟过程中要加入促进有机物料腐熟、分解的生物菌剂，以实现定向腐熟、除臭等目的外，在产品中还需要加入具有特定功能的微生物，以提升产品的作用效果。目前，我国从管理上将生物有机肥纳入微生物肥料范畴，实施比有机肥更为严格的管理措施，以促进有机肥的健康发展。 

微生物菌种是生物有机肥料产品的核心，在生产过程中，一般有两个环节涉及到微生物的使用：

一是在腐熟过程中加入促进物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌剂，其多由复合菌系组成，常见菌种有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、青霉、木霉等；

二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸盐细菌、乳酸菌、假单胞菌、放线菌等为主，在产品中发挥特定的肥料效应。因此，对生物有机肥生产来说，微生物菌种的筛选、使用是一项核心技术，只有掌握了这一项关键技术，才能加快物料的分解、腐熟，以及保证产品的应用效果。 

　　在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。

    生物有机肥的工艺不同，需要的设备也不同，主要有有机肥发酵设备 加工设备、造粒设备和包装设备。