猪、鸡、牛粪便经生物发酵后，含有大量的微生物，这些微生物经蚯蚓消化后，其有益菌的数量成倍增加，而营养依赖型病原菌受到控制。瓦力生物菌腐植酸有机肥施入土壤后，迅速对土壤中有机营养物质的活性进行调控，一些病原菌的繁殖体由于得不到足够的营养而不能生长繁殖，从而抑制了病原菌对寄主植物根系的伤害，提高寄主植物的抗病能力及分解过程中的抑菌作用。
 瓦力生物菌腐植酸有机肥富含有益微生物，施入土壤后可生成大量植物生长素、细胞分裂素、赤霉酸、吲哚酸等植物激素，以及大量的多糖。可促进植物的生长，调控植株代谢。其中的有益微生物还能抑制病原菌的生长，使植物的抗病性、抗逆性增强，同时抑制土传病害的发展。
 瓦力生物菌腐植酸有机肥抑制土传病害的另一方面体现在蚯蚓有机肥中含有一定数量的拮抗微生物，其中经检测和鉴定的有球孢链霉菌和丁香苷链霉菌。链霉菌能产生次生代谢物，并利用可溶性有机质产生胞外水解酶，通过渗入介质中的菌丝将所分泌的水解酶集结为很高的浓度，使其在土壤中具有很强的竞争力，从而抑制其他病害菌的繁殖，丰富土壤中拮抗微生物及捕食线虫菌群落，减少植物土传病害的发生。
瓦力生物菌腐植酸有机肥中含有大量放线菌、细菌和真菌，这些微生物既可以让复杂物质矿化变成易于被植物吸收的有效物质，同时又合成一些具有生物活性的物质。放线菌能产生抗生物质及菌体外霉类，作为土传病害生防菌已被成功运用。生防细菌和真菌或都可以通过竞争作用、拮抗作用、寄生作用等有效控制病原菌。其次，瓦力生物菌腐植酸有机肥中含有大量有益菌群，也能抑制病原菌的生长，使植物的抗病性、抗逆性增强，同时抑制土传病害的发展。