一般反渗透膜性能下降的主要原因是由于膜表面受到污染，例如：表面结垢、堵塞膜孔或者由于物理化学变化引起。其中物理变化是由于压实效应引起反渗透膜透水率下降。化学变化主要是由于PH值得波动引起的，例如醋酸纤维素膜水解、游离氯也会使方向聚酰胺膜性能下降。而反渗透膜孔堵塞主要是由于膜表面积沉积和微生物滋长引起的。其中微生物不仅会堵塞膜孔，而且会对醋酸纤维素有侵蚀损害的作用。

 反渗透膜处理的方法是：定期用 %甲醛溶液循环清洗处理至少1小时。已经污染的膜要用2%柠檬酸铵溶液(PH=4~8)进行清洗，或用亚硫酸氢钠、六偏磷酸钠、稀盐酸等来防止锰、铁及碳酸盐的结垢。有时也用酶洗涤剂对有机物进行清洗。清洗压力 ~ ( ~10kgf/cm2)，清洗流速为原来水处理流速的2~3倍。