洁净室的洁净度往往受到气流的影响,换言之,即人、机器隔间、建筑结构等所产生的尘埃之移动、扩散受到气流的支配。洁净室系利用HEPA、ULPA过滤空气,其尘埃的收集率达 ~ %之多,因此经过此过滤器过滤的空气可说十分干净。然而洁净室内除了人以外,尚有机器等之发尘源,这些发生的尘埃一旦扩散,即无法保持洁净空间,因此必须利用气流将发生的尘埃迅速排出室外。
风速的控制洁净室内的气流是左右洁净室性能的重要因素,一般洁净室的气流速度是选 ~ 之间,此气流速度属微风区域,易受人、机器等的动作而干扰趋于混乱、虽提高风速可抑制此一扰乱之影响而保持洁净度、但因风速的提高,将影响运转成本的增加,所以应在满足要求的洁净度水准之时,能以最适当的风速供应,以达到适当的风速供应以达到经济性效果。另一方面欲达到洁净室洁净度之稳定效果,均一气流之保持亦为一重要因素,均一气流若无法保持,表示风速有异,特别是在壁面,气流会延着壁面发生涡流作用,此时要实现高洁净度事实上很困难。垂直层流式方向要保持均一气流必须：（a）吹出面的风速不可有速度上的差异,（b）地板回风板吸入面之风速不可有速度上的差异。速度过低或过高（ , ）均有涡流之现象发生,而 之速度,气流则较均一,目前一般洁净室,其风速均取在 ~ 之间。