有机肥品质的好坏直接影响到了肥料自身的使用效果，按照科学的鉴别方法区分有机肥的好坏不是难事。通常都采用“三看”法来鉴别有机肥的好坏：一看原料、二看工艺、三看菌量。

　　一看原料，俗话说“复合肥看养分，有机肥看原料”就是这个道理。目前市面上用做有机肥的原料品类较多，质量也良莠不齐，效果差别很多大。常用的有腐植酸、城市污泥、纸厂纸泥、木质素、生化制药厂的废弃物以及饼粕等，腐植酸类原料对土壤和根系有一定的改良作用，但对土壤中有益菌的支持作用微乎其微，因此在肥料品质上表现一般。而城市污泥、纸厂纸泥由于重金属含量较高，若在处理过程中有遗漏，会造成作物的人为污染，造成收益上的损失。木质素类原料的有机肥虽然有机质含量较高，但由于木质素在土壤中分解很困难，用其做肥料效果可想而知。近几年，将生化制药厂的固形废弃物经微生物法腐熟处理后制成的有机肥，在农业的实际生产中表现出了良好的效果，这是由于生化制药厂用于生素生产的培养基都会加入淀粉类和饼粕类组分。这些生化后期的废弃物，在前些年往往被用于加工饲料，鉴于食品安全的因素，后来被国家明令禁止往饲料中添加。但这些废弃物中的成分其营养价值非常高，经腐熟处理后用做有机肥料则效果非常显著。直接用饼粕来生产有机肥料，由于原料成本太高，目前市面上尚未发现，而标识“豆粕有机肥”的产品到底是否含有豆粕、含有多少豆粕，我们很难评判。