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生物有机肥和有机肥的不同点主要在于：

1、生产工艺不同

生物有机肥是在发酵腐熟的有机肥中加入有益菌制成的，生产工艺的核心是菌种培养，而有机肥的生产工艺是有机肥的腐熟。

2、考量指标不同

生物有机肥以有效活菌数和有机质为考量指标。由于再次接种菌种会带来新的碳损，生物有机肥在要求活菌数之后对有机质要求比有机肥略低。 菌种在高浓度的盐分下不会成活，另外接种后会引起碳损，因此一些生物有机肥包装上标注的有机质、无机盐的含量值得斟酌。

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有机肥堆肥的发酵过程简单可分为以下4阶段：

⑴发热阶段 堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中温、好气性的种类为主，常见的是无芽孢细菌、芽孢细菌和霉菌。它们启动堆肥的发酵过程，在好气性条件下旺盛分解易分解有机物质（如简单糖类、淀粉、蛋白质等），产生大量的热，不断提堆肥温度，从20℃左右上升至40℃，称为发热阶段，或中温阶段。

⑵高温阶段 随着温度的提高，几天后堆心即达50℃以上，进入高温阶段。好热放线菌和好热真菌逐渐取代喜中温的微生物成为肥堆里的主要微生物种类。它们对堆肥中复杂的有机物质（如纤维素、半纤维素、果胶物质等）进行强烈分解，热量积累，堆肥温度上升至60℃甚至更高，这对加快堆肥的腐熟有很重要的作用，发酵的高温杀灭了有害生物，也利于有机质大量的转化成腐植酸。堆肥不当、只有很短的高温期，或者根本达不到高温，那么物料将在半年甚至更长时期内不会腐熟。当然，那么高的温度如果是在地里进行的，作物的根系就不行了。

⑶降温阶段 当高温阶段持续时间后，纤维素、半纤维素、果胶物质大部分已被分解，肥堆内剩下的是很难分解的复杂成分（如木质素）和新形成的腐殖质，微生物的活动减弱，温度逐渐下降。当温度下降到40℃以下时，中温性微生物又成为肥堆内的微生物种类。如果降温阶段来的早，高温阶段太短，表明堆制条件不够理想，有机物质分解不充分。这时可以翻堆，将堆积材料拌匀，使之产生第二次发热、升温，以促堆肥的腐熟。

⑷腐熟保肥阶段 堆肥腐熟后，体积缩小，堆温下降至稍高于气温，这时应将堆肥压紧，造成厌气状态，使有机质矿化作用减弱，以利于保肥。随着堆肥时间的逐渐减少，放线菌逐渐增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期减少。

生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且具有化肥达不到的效果。微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成，只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。

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