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生物有机肥和有机肥的不同点主要在于：

1、生产工艺不同

生物有机肥是在发酵腐熟的有机肥中加入有益菌制成的，生产工艺的核心是菌种培养，而有机肥的生产工艺是有机肥的腐熟。

2、考量指标不同

生物有机肥以有效活菌数和有机质为考量指标。由于再次接种菌种会带来新的碳损，生物有机肥在要求活菌数之后对有机质要求比有机肥略低。 菌种在高浓度的盐分下不会成活，另外接种后会引起碳损，因此一些生物有机肥包装上标注的有机质、无机盐的含量值得斟酌。

自有农耕之后，有机肥料就登上了历史舞台，多年前之前的人们就会将各种动植物残体回田以提升地力，提高作物的产量和品质。

有机质原始态，包括蛋白质、脂肪、淀粉、纤维素、半纤维素和木质素等，是没有改良土壤的作用的，也不确定能被植物直接利用，须转化成腐殖质才行。转化的过程还伴随着有害物的释放，而对有害物质无害化处理的过程，就是有机肥的生产过程，完成了这个过程的物质就是有机肥了。

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生物菌肥是在有机肥料中加入有益生物菌群，起到固氮，降解土壤中的有机养分，抑制土传病害和改良土壤的作用。肥料中的菌是施到土壤中再发挥作用的。生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来提土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合某些土壤环境。

广义上的有机肥俗称农家肥，包括以动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。

有机肥主要来源于植物和动物，施用于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料，经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而成，消了其中的有害物质，含大量有益物质，包括多种有机酸、肽类以及包含氮、磷、钾在内的元素。不仅能为农作物提供营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促微生物繁殖，改土壤的理化性质和生物活性，是生产的主要养分。

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