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由于原料和条件的变化，微生物的数量也在不断发生变化，所以堆肥过程中没有微生物占据主导地位。每一个环境都有其特定的微生物菌群，微生物的多样性使得我们不能有机肥发酵好后里面是什么菌株。

有机肥投放到土壤中会被什么菌株利用是个未知数，被有益菌利用了倒好，如果被有害菌利用就麻烦了。用发酵好的有机肥料扩繁定殖有益菌，让肥料同时具备菌和肥的功能就能解决这个问题，生物有机肥应运而生。

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生物菌肥是在有机肥料中加入有益生物菌群，起到固氮，降解土壤中的有机养分，抑制土传病害和改良土壤的作用。肥料中的菌是施到土壤中再发挥作用的。生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来提土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合某些土壤环境。

生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且具有化肥达不到的效果。微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成，只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。

广义上的有机肥俗称农家肥，包括以动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。

有机肥主要来源于植物和动物，施用于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料，经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而成，消了其中的有害物质，含大量有益物质，包括多种有机酸、肽类以及包含氮、磷、钾在内的元素。不仅能为农作物提供营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促微生物繁殖，改土壤的理化性质和生物活性，是生产的主要养分。

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